Одним из наиболее важных направлений развития доктрины международного уголовного права стало исследование общих проблем его развития на современном этапе. Отметим, что практически никто из исследователей нс обошел вопрос о «кризисе» системы международного права и правопорядка после окончания холодной войны и начала доминирования США и их союзников на международной арене. Примечательно, что самые серьезные международные кризисы и вооруженные конфликты рассматриваются в призме геополитических последствий распада СССР как одного из двух главных центров мировой силы. Например, Б. Дж. Донлан приходит к выводу, что югославские события 1990-х гг. и кровавая война в Боснии стали прямым результатом «крушения биполярного мира».
Пожалуй, ключевой вопрос в доктрине сводится к оценке современного состояния и перспектив развития системы международного уголовного права.
Развитию системы международного уголовного права в целом посвящено солидное исследование Дж. Р. Ниеманна: австралийский автор говорит о том, что исторически развитие международного уголовного права было в интересах государств, вступавших в определенные отношения с другими государствами. Изначально международное уголовное право «было адресовано» исполнителям преступлений против человечности, и на этой основе возник тезис о том, что его развитие не может быть обеспечено государством, если гражданин последнего являлся исполнителем такого преступления. В дальнейшем развился «конфликт интересов» между государством и международным правом в плане установления «пределов суверенитета», который стал помехой развития международного уголовного права на современном этапе, так как государство зачастую устанавливает «суверенное право» уголовного преследования в случаях, когда преступление совершено на его территории либо его гражданами.
Из сказанного следует стремление государства (особенно «сильного государства») установить «исключительное доминирование» над международным уголовным правом. В качестве примера автор приводит известную историю с дезавуированием подписи США под Римским статутом МУС и заключает: «К сожалению, многие сильнейшие государства мира отказались ратифицировать договор по МУС, и он .
В российской доктрине отмечается, что в настоящее время сохраняются различные (порой взаимоисключающие) подходы к определению самого международного уголовного права, его основных институтов, проблем взаимодействия с национальными уголовно-правовыми системами. До сих пор не совсем ясны соотношение материальных и процессуальных начал в международном уголовном праве, значение его отраслевых принципов; не всегда имеется ясное представление о его задачах. Одной из наиболее значительных задач остается необходимость выработки комплексного понимания влияния международного уголовного права на национальную уголовно-правовую систему. При этом собственно само международное уголовное право предложено определить как самостоятельную отрасль, входящую в единую систему международного права, определяющую преступность деяния и пределы ответственности за его совершение, а также регламентирующую иные уголовно-правовые вопросы в целях охраны мирового правопорядка.
Индийский автор И. К. Уалиа отмечает, что международное уголовное право в целом получило резкое «качественное» развитие с момента учреждения МТБЮ до начала регулярной работы Международного уголовного суда. В настоящее время международное уголовное право «применяется международными судами; государства призывают обеспечить его имплементацию; процесс внутренней инкорпорации идет во многих странах». Однако, по мнению автора, существует определенное несоответствие между установлениями Римского статута МУС и определением преступлений по обычному международному праву. Статут включил в себя ряд таких преступлений, но не полностью – в частности, за пределами Статута остались многие серьезные нарушения международного гуманитарного права. Также требует внимания «прецедентное право», сформулированное в решениях МТБЮ и МТР, которое уже «внесло существенный вклад» в развитие международного уголовного права.
Кроме того, И. К. Уалиа говорит о существовании определенных сложностей в определении приоритетов между международной и национальной юрисдикциями в отношении лиц, совершивших международные преступления. «Внутригосударственные процедуры часто имеют множество преимуществ над международными» – в частности, это касается возмещения жертвам преступлений, наличия реально действующих полицейской и пенитенциарной систем. «Лучший путь развития» международного уголовного права состоит в «синергии» между международными и национальными путями уголовного преследования лиц, совершивших международные преступления. При этом внутригосударственной уголовно-правовой системе отдается приоритет: должна существовать международная помощь для национальной системы уголовного преследования, что обеспечит успешное развитие МУП и сделает его «действительно глобальным». Вторит этому суждению и вывод о том, что государство «не нуждается в установлении собственной юрисдикции» в случае, когда правосудие по конкретному уголовному делу уже осуществлено «где бы то ни было».
Также в российской и иностранной доктрине пристальное внимание уделяется вопросам установления универсальной юрисдикции в отношении лиц, совершивших международные преступления (в первую очередь геноцид и военные преступления) за пределами своего государства. Отмечается трудность установления универсальной юрисдикции в отношении таких лиц, обусловленная существованием «суверенной» правовой системы государства, что требует переосмысления самой концепции универсальной уголовной юрисдикции и ее соотношения с национальной уголовной юрисдикцией. Во многом возможность «реальной» универсальной юрисдикции в отношении лиц, совершивших указанные преступления, возможна лишь с развитием деятельности Международного уголовного суда как постоянного органа. Однако до «истинного торжества» универсальной уголовной юрисдикции предстоит еще «долгий путь» из-за позиции США и ряда других ведущих стран.